Ο πρώτος οικισμός στην Κνωσό χρονολογείται γύρω στο 7.000π.Χ., στη Νεολιθική Εποχή. Η οικονομική, κοινωνική και πολιτική ανάπτυξη του οικισμού οδήγησε κατά τα τέλη της δεύτερης χιλιετίας π.Χ. στην ανέγερση του μεγαλοπρεπούς ανακτόρου της Κνωσού. Η Κνωσός αποτέλεσε έδρα του μυθικού βασιλιά Μίνωα και το κυριότερο κέντρο εξουσίας στην Κρήτη. Το Πρώτο αυτό Ανάκτορο καταστρέφεται κατά το 1.700 π.Χ. περίπου, αλλά ξανακτίζεται για να καταστραφεί οριστικά πια από φωτιά το 1350 πΧ. Έκτοτε ο χώρος του ανακτόρου μετατρέπεται σε ιερό άλσος της Ρέας, αλλά δεν ξανακατοικείται.
